De acordo com a Comissão Interministerial de Mudança Global do Clima do Brasil, o manejo de dejeto animal é uma questão muito importante que precisa ser solucionada.

O manejo inadequado de sistemas de tratamento de dejeto animal é muito freqüente no Brasil, e alem de criar conseqüências ambientais profundas, como odores e contaminação da água/terra ( incluindo infiltração , escoamento e aplicação excessiva ) ainda contribuem para o aumento das emissões de gases de efeito estufa.

No entanto, neste segmento especifico, é possível desenvolver projetos de MDL para tratamento dos resíduos animais através da implantação de biodigestores que irão capturar e queimar o metano gerado pelo esterco produzido pelos animais, de modo a substituir os digestores abertos formados por lagoas de tratamento de esterco anaeróbicas onde o metano é diretamente emitido para a atmosfera.

Projetos de MDL neste segmento podem ser implantados tanto nas unidades de produção ( abate ), como nas unidades de criação ( granjas e fazendas ) dos animais.